Die Gesamtartenliste der sich im Süßwasser reproduzierenden Fische und Neunaugen Deutschlands umfasst 111 etablierte Arten. Eine Rote-Liste-Kategorie wurde vom Bundesamt für Naturschutz für die 90 indigenen und archäobiotischen Arten ermittelt. Die bundesweite Gefährdungsanalyse beruht auf den länderspezifischen Einschätzungen von 59 Expertinnen und Experten aus allen Bundesländern und wurde unter anderem durch eine quantitative Auswertung der Befischungsdaten von 6.424 Messstellen gestützt. Insgesamt werden neun Arten als ausgestorben oder verschollen und 38 weitere als bestandsgefährdet eingestuft. Insgesamt 52 Prozent der bewerteten Süßwasserfischarten und Neunaugen werden somit als bestandsgefährdet oder ausgestorben eingestuft. Nur 36 Prozent der Arten gelten als ungefährdet. Süßwasserfische und Neunaugen werden maßgeblich durch Gewässerverschmutzung und die frühere Begradigung der Flüsse und der Uferverbauung gefährdet. „Darüber hinaus gibt das Schwinden von Süßwasserfisch- und Neunaugenbeständen durch die in den letzten Jahren vermehrt auftretenden Dürresommer einen Ausblick auf die potenziellen Auswirkungen des Klimawandels“, heißt es in der Roten Liste. Trotz bestehender Verpflichtungen wird demnach zu wenig unternommen, um die Ausbreitung potenziell invasiver Arten wie etwa der Amurgrundel Perccottus glenii zu unterbinden, bevor sie so häufig sind, dass Maßnahmen unwirksam werden.
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